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基礎的なアイディアは自社で考え、これを具体化するためにシステム開発会社にシステム開発を依頼して、発明が完成したとします。発明完成への貢献度にもよりますが、通常、発明はアイディアを出した自社内の発明者とシステム開発会社の具体的システムのアイディアを出した人が共同して発明を完成したことになるでしょう。
従って、その発明についての権利は原始的に両発明者が共同で取得したことになります。その権利に基づき誰が出願するかは、契約により決まります。
現実には自社のアイディアに基づき、システム開発会社に発注するときに、契約をします。そして、その契約に、例えば「完成したシステムについて、特許出願する権利は発注者側にあること、システム開発会社は特許出願に協力する義務があること、出願権を譲り渡す対価は契約金額の中に含まれること」等を盛り込みます。但し、出願には必ずシステム開発会社の実際の発明者及び自社の発明者を発明者として表示しなければなりせん。
このような契約を結ばないでシステムを発注しますと、色々なトラブル発生の原因となります。
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